海关对商标专用权的主要保护措施如下：
（1）商标专用权人可以将其商标向海关总署申请备案，知识产权海关备案的有效期为10年。备案不是强制性的，是否备案由权利人自行决定。备案与否也不影响海关扣留侵权嫌疑货物，权利人请求扣留侵权嫌疑货物的，只需要向嫌疑货物进出境的海关提出申请，可以不必事先办理知识产权保护备案。
（2）权利人在发现侵权货物可能进出口的线索时，需要向进出口地海关提出采取知识产权保护措施的申请。申请人请求海关扣留侵权嫌疑货物的，应当提交申请书及相关证明文件，并提供足以证明侵权事实明显存在的证据。同时还应当向海关提供不超过货物等值的担保，用于赔偿可能因申请不当给收货人、发货人造成的损失，以及支付货物由海关扣留后的仓储、保管和处置等费用。权利人申请扣留侵权嫌疑货物，符合规定，并提供担保的，海关应当扣留侵权嫌疑货物，书面通知知识产权权利人，并将海关扣留凭单送达收货人或者发货人。知识产权权利人申请扣留侵权嫌疑货物，不符合规定，或者未提供担保的，海关应当驳回申请，并书面通知权利人。海关根据权利人的申请扣留侵权嫌疑货物，自扣留之日起20个工作日内未收到人民法院协助执行通知的；应当放行被扣留的货物。
（3）海关发现进出口货物有侵犯备案知识产权嫌疑的，应当立即书面通知权利人。权利人自通知送达之日起3个工作日内依照相关规定提出申请，并依规定提供担保的，海关应当扣留侵权嫌疑货物，书面通知知识产权权利人，并将海关扣留凭单送达收货人或者发货人。知识产权权利人逾期未提出申请或者未提供担保的，海关不得扣留货物。海关发现进出口货物有侵犯备案知识产权嫌疑并通知知识产权权利人后，知识产权权利人请求海关扣留侵权嫌疑货物的，海关应当自扣留之日起30个工作日内对被扣留的侵权嫌疑货物是否侵犯知识产权进行调查、认定；不能认定的，应当立即书面通知知识产权权利人。此类由海关启动的保护措施，对于扣留侵权嫌疑货物，自扣留之日起50个工作日内未收到人民法院协助执行通知，并且经调查不能认定被扣留的侵权嫌疑货物侵犯知识产权的，应当放行被扣留的货物。
（4）收货人或者发货人认为其货物未侵犯知识产权权利人的知识产权的，应当向海关提出书面说明并附送相关证据。海关认为收货人或者发货人有充分的证据证明其货物未侵犯知识产权权利人的知识产权的，应当放行被扣留的货物。知识产权权利人请求海关扣留侵权嫌疑货物后，海关不能认定被扣留的侵权嫌疑货物侵犯知识产权权利人的知识产权，或者人民法院判定不侵犯知识产权权利人的知识产权的，知识产权权利人应当依法承担赔偿责任。
（5）被扣留的侵权嫌疑货物，经海关调查后认定侵犯知识产权的，由海关予以没收。海关没收侵犯知识产权货物后，应当将侵犯知识产权货物的有关情况书面通知知识产权权利人。被没收的侵犯知识产权货物可以用于社会公益事业的，海关应当转交给有关公益机构用于社会公益事业；知识产权权利人有收购意愿的，海关可以有偿转让给知识产权权利人。被没收的侵犯知识产权货物无法用于社会公益事业且知识产权权利人无收购意愿的，海关可以在消除侵权特征后依法拍卖；侵权特征无法消除的，海关应当予以销毁。